ARCHE Agglo présente de nombreuses rivières sur son territoire, appartenant à différents « bassins versants », et gérés par différentes structures :
- Au nord-ouest du territoire, les bassins versants Ay-Ozon géré par le Syndicat Mixte Ay-Ozon, auquel ARCHE Agglo adhère
- A l’ouest, le bassin du Doux, géré par le Syndicat mixte du bassin versant du Doux
- Au centre du territoire, les petits affluents du Rhône, la Bouterne, les petits affluents de l’Isère, la Veaune,
- A l’est, le bassin versant de l’Herbasse géré par le Syndicat Intercommunal d’Aménagement du Bassin de l’Herbasse (SIABH) et ARCHE Agglo.